宝可梦剑盾三周目的剧情和前两周目并没有太多变化,仍然是沿着主线剧情进行。主要故事围绕着与伦达卡累斯博士、超级大赛、深层巨穴、众多宝可梦的战斗以及塔楼挑战等展开。
其中,三周目玩家可以挑战难度加强的联盟冠军杯,以及加入洛克莫汀团队,挑战团队最高排名。此外,三周目玩家还可以收集更多的宝可梦,探索更多的地区和场景,享受更丰富多彩的游戏体验。