科学技术协会和科技部的区别是，科学技术协会是在民政部注册的社会群体组织，协会的会长和协会章程，是由协会会员选举产生和会员协商讨论而形成的。而科技部则是国务院管理的政府部门，代表国务院行使有关科学技术研究、推广、应用的权力。
科协是社团组织，有独立的章程管理。科技部是政府机构，是公务员单位。
